Boccherini n'a rien composé pour orgue (je viens de vérifier son catalogue). c'est avant tout un compositeur de musique de chambre (multiples quintettes, quatuors, trios, sonates etc) et de musique symphonique (concertos, symphonies), quelques oeuvres vocales (stabat mater, la Clementina, arias). Quelques sonates pour clavecin...
Ce drôle d'orgue comme tu dis, ce n'étais pas la "lira organizzata" ? Dans ce cas, c'est Haydn qui a composé des oeuvres (concertos, notturni). La lira est en général remplacée par un hautbois et une flûte (Haydn l'a prévu lui-même ainsi) mais il se peut que tu aies entendu une version sur cet instrument disparu mais reconstitué, comme par exemple ça a été le cas pour le glassharmonica.
Je ne peux rien te dire de plus.